Kafedra Dövlət ekologiya və təbii ehtiyatlardan səmərəli istifadəyə nəzarət komitəsi, AMEA Coğrafiya İnstitutu, respublika Təbiəti Mühafizə Cəmiyyətinin rəyasət heyəti və mərhum akademik H.Ə.Əliyevin təşəbbüsü ilə 31 yanvar 1980-ci ildə Universitetin Geologiya-coğrafiya fakültəsində “Ətraf mühiti mühafizə” adı ilə təşkil olunmuşdur. Daha sonra kafedranın adında dəyişiklik olunaraq üzün illər “Ətraf mühitin mühafizəsi və təbii ehtiyatlardan səmərəli istifadə” adlandırılmışdır. Kafedra keçmiş SSRİ məkanında təşkil edilən ilk ekoloji istiqamətli kafedralardan olmuşdur. Kafedra uzun müddət respublika ali məktəbləri arasında ekologiya və ətraf mühiti mühafizə sahəsində elmi-metodiki mərkəz rolunu oynamışdır.
Kafedranın ilk müdiri prof. F.Ə.Hacıyev olmuşdur. 1981-ci ildə onun başqa işə keçməsi ilə əlaqədar olaraq kafedraya 1981-2019-cü illərdə prof. Ş.Y.Göyçaylı, 2019-2022-ci illərdə dosent Akif Ağbabalı, 2022-ci ildən isə dosent Məhluqə Yusifova rəhbərlik edir. Kafedra yaradılarkən onun professor-müəllim heyəti: prof. F.Ə.Hacıyev, c.e.n. R.H.Muqalov və c.e.n. R.B.Abdullayevdən ibarət idi. Daha sonra b/m. N.K.Mikayılov, müəl. S.M.Qarayeva və asist. A.M.Mustafayev kafedrada çalışmışlar.
Kafedrada görkəmli alimlərdən: akad.H.Ə.Əliyev, akad.B.Ə.Budaqov, akad. V.C.Hacıyev, akad. M.Ə.Salmanov, prof.Ə.C.Əyyubov, AMEA-nın müxbir üzvü Ş.B.Xəlilov və başqaları fəaliyyət göstərmişlər.
Kafedra 2010-cu ildə Respublikamızda “Ekologiya İli” elan olunmasından irəli gələrək Universitetdə yeni yaradılan Ekologiya və torpaqşünaslıq fakültəsinin nəzdinə keçirilmiş və “Coğrafi ekologiya” adlandırılaraq yenidən təşkil olunmuşdur.