Coğrafi ekologiya kafedrasının əməkdaşları MDB ölkələri ilə mövcud olan əlaqələri inkişaf etdirməyə səy göstərməklə yanaşı, Avropa ölkələri və ABŞ universitetləri ilə də əlaqələr yaradırlar.
ABŞ-ın İndiana, Con-Hopkins universitetlərinin nümayəndələri Coğrafi ekologiya kafedrasında təcrübə mübadiləsində olmuşlar. Türkiyənin Anadolu universitetinin sənayenin ekologiyası, Sakarya universitetinin Coğrafiya fakültəsi ilə əməkdaşlıq edilir. Prof. Ş.Göyçaylı Beynəlxalq Ekologiya elmlər akademiyasının Nobel mükafatı laueratı K.Polinq adına Beynəlxalq Elmi İnkişaf Akademiyasının Azərbaycan filialının üzvüdür. Həmin akademiya prof. Ş.Göyçaylının coğrafiya və coğrafi ekologiyanın problemləri adlı monoqrafiyasının ingilis dilinə tərcüməsi barədə zəmanət vermiş, həmin kitab Bourqas şəhəri beynəlxalq nəşriyyat birliyinin qərarı ilə 2009-cu ildə ingilis dilində nəşr edilmişdir.
Almaniya alimləri və mütəxəssisləri ilə də əlaqələr səmərəli aparılmışdır. Almaniyada Alternativ Nobel mükafatı laureatı, təbiət abidələrinin mühafizəçisi Zukkov fondu ilə əlaqələr davam etməkdədir.
Ekoloji kimya kafedrası Türkiyə Cümhuriyyətinin, Rusiya Federasiyasının və Avropanın bir çox universitetləri ilə əməkdaşlıq edir.
Fəaliyyətə başladığı dövrdən etibarən Bioekologiya kafedrası tərəfindən bir sıra layihələr həyata keçirilmişdir. Bioekologiya kafedrası 2011-ci ildən Almaniya Beynəlxalq Əməkdaşlıq Birliyinin vasitəçiliyi ilə Almaniyanın Greifsvald Universiteti ilə əməkdaşlıq edir. Bakı Dövlət Universitetinin Ekologiya və torpaqşünaslıq fakültəsi Bioekologiya kafedrası və Almaniya Beynəlxalq Əməkdaşlıq Birliyi ilə magistr pilləsi üçün “Bioekologiya – Biomüxtəliflik və Təbiəti Mühafizə” Kurrikulum tədris planının hazırlanması istiqamətində proqram işlənib hazırlanmışdır.
Bioekologiya kafedrası ilə GİZ Alman Əməkdaşlığı Cəmiyyəti arasında “Cənubi Qafqazda biomüxtəlifliyin davamlı idarə olunması” proqramı çərçivəsində 2012-ci ildə imzalanmış müqaviləyə əsasən üç modullu təlimlər “Qışlayan su-bataqlıq və oxuyan meşə quşlarının monitorinqi”, “Ali bitkilərin təyin edilməsi və monitorinqi”, “Kəpənəklərin təyin edilməsi” uğurla həyata keçirilmişdir. Həmçinin Bioekologiya kafedrası ilə GİZ Alman Əməkdaşlığı Cəmiyyəti arasında əməkdaşlıq çərçivəsində landşaft ekoloqu CİM ekspert Tillman Ditrix kaferada elmi-pedoqoji fəaliyyətlə məşğul olur. Kafedranın professoru N.A.Sadıqova və dosenti F.V.Sultan-zadə Tempus layihəsi SUTOMA üçün “Rekreasion və ekoturizm” layihəsində iştirak edirlər.
Torpaqşünaslıq kafedrasının əməkdaşları Rusiya Cənubi federal Universiteti, Perm Kənd Təsərrüfatı Akademiyası, Leninqrad Dövlət Universiteti, Kazan Dövlət Aqrar Universiteti, Gürcüstan Dövlət Kənd Təsərrüfatı Universiteti və Turkiyənin On doquz Mayıs Universiteti ilə əməkdaşlıq edirlər.
Yerquruluşu və kadastr kafedrasının əməkdaşları Rusiyanın Yerquruluşu Dövlət Universiteti və K.A.Timiryazev adına Rusiya Dövlət Aqrar Universiteti ilə əməkdaşlıq edirlər.
